Além disso, o inquérito apura a falta de pagamento de tributos por parte de outra empresa mantida pelo ex-presidente, a LILS Palestras, Eventos e Publicações Ltda. Segundo as acusações contra Lula, ele realizou palestras por meio da LILS com base em contratos firmados no âmbito do instituto que leva o seu nome. Aproveitando que a entidade se declarava isenta de IRPJ e desobrigada de apuração de CSLL, o ex-presidente teria se furtado de suas obrigações tributárias.
Ao tomar conhecimento da confusão operacional do Instituto Lula e da empresa de palestras, a PGFN suspendeu a isenção tributária da entidade, apurando-se débitos de IRPJ, CSLL, PIS e Cofins no período de 2011 a 2014. Com isso, a procuradoria calculou um débito de R$ 15,3 milhões das empresas controladas por Lula, dívida superior a 30% do patrimônio conhecido do ex-presidente e das empresas na época. Contudo, mesmo após a suspensão da isenção tributária, o Instituto Lula teria apresentado informações incorretas para cálculo dos tributos devidos em 2012. Segundo a PGFN, a entidade deduziu do lucro líquido, por exemplo, despesas que não são passíveis de dedução, tais como gastos com Lula e sua empresa de palestras, bem como doações de sociedades estrangeiras. Além disso, declarou como insumos, para fins de tomada de crédito de PIS e Cofins, despesas com serviços que não se referem ao seu objeto social. Além de estabelecer a multa de R$ 829,7 mil em honorários advocatícios, o tribunal de primeira instância ordenou o bloqueio de R$ 525,2 mil das contas da LILS para quitar parte do que Lula deve à PGFN. Essa determinação também foi mantida pela Quarta Turma do TRF-3. Ainda cabe recurso contra a decisão do colegiado. No recurso, a defesa alega que o “ajuizamento de cautelar fiscal enquanto ainda pende a discussão administrativa dos créditos viola a garantia ao contraditório e à ampla defesa” e defende a tese de que “inexistiu prática de atos de esvaziamento patrimonial”.